De gevolgen voor de veroverde gebieden waren groot. Zo was de economie afhankelijk van Europa geworden. Veel landbouwgrond werd gebruikt voor exportproducten, en niet voor de verbouw van voedsel, dus kwam er veel hongersnood voor. Ook voerden de Europeanen belasting in. Omdat de meeste die niet konden betalen, moesten zij hun grond verlaten.

Er kwam ook veel afzien onderling van de veroverde gebieden. Dit kwam doordat Europese landen sommige bevolkingsgroepen in het bestuur of leger aannam. Veel Molukkers namen dienst in het Nederlandse leger. Nadat Indonesië onafhankelijk werd, werden de Molukkers als verraders gezien.

De bevolking had van de veroverde gebieden haast geen inspraak meer op het bestuur. Ook liepen de nieuwe grenzen dwars door de oude grenzen, wat leidde tot conflicten en oorlogen.